SRAS-CoV-2 : l’évolution du virus en direct

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À ce jour, les scientifiques ont séquencé et mis en partage plus d’un million de virus SRAS-CoV-2. Cette somme de données leur permet d’observer pas à pas l’évolution du virus.

Ce n’est pas la première fois que des virus passent de l’animal à l’humain, mais cette fois-ci, le virus mute sous nos yeux. Nous témoignons de son adaptation à son nouveau territoire, à son nouvel écosystème : l’humain.

On n’a jamais autant séquencé d’échantillons d’une seule souche virale, observe Julie Hussin, biogénéticienne à l’Université de Montréal.

Jesse Shapiro, biologiste de l’évolution microbienne à l’Université McGill, abonde dans le même sens : La façon dont nous surveillons chaque pas évolutif du SRAS-CoV-2, c’est sans précédent.

Julie Hussin était une spécialiste de l’évolution des mammifères, mais avec l’arrivée de la pandémie, elle s’est retrouvée catapultée dans le monde microscopique. Férue biologiste des populations, elle regarde depuis plus d’un an les différentes lignées de SRAS-CoV-2 – ce qu’aujourd’hui on pourrait appeler des variants – évoluer, compétitionner, apparaître et s’éteindre.

En effet, dès le début de la pandémie, le virus évoluait, accumulant de nouvelles mutations à un rythme régulier, environ toutes les deux semaines, et créant des dizaines de lignées distinctes.

La phase d’expansion du virus

Au tout début de la pandémie, le virus s’est répandu sans réel obstacle dans son nouvel environnement. Il n’a eu aucune difficulté à infecter de nouveaux humains, notamment parce que personne n'était immunisé. Il était inconnu du système immunitaire humain.

Les mutations qu’il accumule alors de façon aléatoire sont suffisantes pour assurer sa propagation, explique Julie Hussin.

Les multiples lignées existantes au début du printemps ne semblaient pas se démarquer les unes des autres. Aucune ne semblait bénéficier de nouvelles propriétés, aucune ne semblait plus transmissible ou dangereuse que les autres. Des mutations ont eu lieu un peu partout sur son génome, de manière aléatoire. C’est ce à quoi on peut s’attendre d’une espèce en expansion, note Julie Hussin.

Le virus n’était cependant pas encore entièrement adapté à l’humain – un peu comme le premier tétrapode sorti des eaux pour conquérir la terre ferme.

Le virus évolue vraisemblablement chez l’humain depuis peu de temps, probablement par chance, note Jesse Shapiro. On s’attend donc à ce qu’il ne soit pas à son optimum évolutif. Cela signifie qu’il dispose de nombreuses façons de s’améliorer.